Могу только предположить...
По "Антею" - в руководстве ВТА решили визуально отличаться от ГА. А "крыловоз" (это толи один из прототипов, толи первый серийный) принадлежал КБ, а не ВТА, и вероятно активно летал по международным выставкам, поэтому ему придали "соответствие". А может, военные просто банально решили сэкономить, встречаются фото насмерть облезлых Антеев, на которых после 91г. только перекрасили флаг и регистрацию.
По Як-42 - он позиционировался как "наследник Як-40", поэтому изначально имел сходную ливрею, но у 42го линейка иллюминаторов идет выше (на одном уровне с фонарем), поэтому читлайн провели под окнами дабы сохранить "сороковушную" геометрию окраски. А поскольку Як-42 как тип рождался в те же годы, что и новая ливрея Аэрофлота, приоритет последней еще не был неоспоримым - вот и оставили КБшный дизайн. В конечном счете все равно эту "униформу" пришлось так или иначе подгонять под конкретные типы. На Ту-134 и 154 новые читлайны тоже фактически повторяет старые "КБшные", и на носу они начинаются каждый по-своему. А милевские вертолеты (Ми-6, МИ-10К и появившийся позже Ми-26) практически сохранили фирменный стиль, унифицировался только логотип Аэрофлота. Сильнее всего "пострадали" Ил-18 и Ил-62 - на них читлайн переехал на окна и полностью изменил зрительное восприятие самолета.
